Au niveau régional, la DRIEE a une mission de pilotage et d'animation des services de police de l'eau franciliens. Il s'agit d'homogénéiser l'application de la règlementation sur le territoire régional et d'assurer une interface entre le dispositif législatif et réglementaire édicté au niveau national par le ministère et sa mise en œuvre concrète au niveau départemental.
Au niveau départemental en grande couronne, ou interdépartemental sur Paris-proche couronne, chaque service de police de l'eau s'appuie sur les missions inter-services (interdépartementale) de l'eau et de la nature (MI(I)SEN). Ces instances permettent d'élargir et partager un socle de connaissances communes sur les enjeux des politiques de l'eau. Elles sont aussi un lieu d'articulation de l'action régalienne et des leviers financiers mis en œuvre par l'Agence de l'eau ou les conseils départementaux. Des documents de planification sont ainsi élaborés conjointement par les différents services de l'État afin de coordonner leur action sur le territoire, notamment les plans d'actions opérationnels territorialisés (PAOT) qui déclinent les objectifs du SDAGE et les priorités du programme de mesures.
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